Bosznia-Hercegovina területe 51 129 négyzetkilométer. Horvátországgal rendkívül hosszú, 932 km közös határa van északon és délnyugaton. Északkeletről Szerbiával délkeletről pedig Montenegróval (Crna Gora) szomszédos. Bosznia-Hercegovina nagyrészt természetes határokkal rendelkezik, amelyeket északon a Száva keleten a Drina, délnyugaton pedig a Dinári-hegység alkot.
Az ország két történelmi-földrajzi egységből, az északon elterülő, nagyobb Boszniából valamint a déli Hercegovinából áll. Mindkét rész nagyobb részben hegyvidéki terület, de a felszín, jellegzetességei eltérőek.